南京作为教育重镇，拥有众多知名高校，其中考研难度较高的有：
1. 南京大学：作为C9联盟成员，南大的综合实力雄厚，考研竞争激烈。
2. 东南大学：同样为C9联盟成员，在工程学科领域享有盛誉，考研难度较高。
3. 南京理工大学：以工程学科为主，是江苏省属重点大学，考研竞争激烈。
4. 南京航空航天大学：在航空航天领域具有优势，考研难度较大。
5. 南京师范大学：以师范教育为主，同时具有强大的科研实力，考研竞争激烈。
此外，南京农业大学、南京中医药大学、南京邮电大学等高校也具有一定的考研竞争力。
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